Hunucma está enclavado en el territorio que fue la jurisdicción de los chakanes antes de la conquista de Yucatán. La localidad fue un centro de población relativamente importante de la civilización maya antes de la conquista de Yucatán, a juzgar por el número y la talla de los yacimientos arqueológicos que se encuentran en el lugar.

Se sabe que durante la colonia estuvo bajo el régimen de las encomiendas, entre las que se puede mencionar la de Francisco de Arceo y la señora Ana de Argüelles. En 1825, después de la independencia de Yucatán, Hunucma formó parte del Partido de la Sierra Baja, con cabecera en Mama